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法国农业科学院启动4P宽带表型数据平台建设
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来自法国农业科学院INRA的科学家较近召开了一次会议,探讨了在法国进行4P宽带表型数据处理平台的建设问题,会议结论是要确保项目和计划得以实施,需要做以下工作:
项目合作伙伴之间实现良好沟通,特别是与IT供应商之间,要提供多种技术接入平台的解决方案;平台设备布置要加速。
项目前景:开发新型数据处理方法((phenomobiles数据、模块再编码、python语音);与
PHIS科学信息系统对接;优化工作流程。
1.介绍
1.1高通量植物表型成像
植物表型研究包括观测性状,即单个植株结构或功能的性状。对这些性状进行追踪可帮助农学家在给定环境条件下(气候、土壤、致病原)提升植物品系选择效率。植物表型还协助研究者较好理解对植物环境的反应机制、 植物功能模式,从而改进诊断以及作物性能预测的决策模型工具。
要建立强相关性,有必要考虑高通量植物表型,例如,追踪大量个体(数百或数千),不同处理模式(引入病害或不同灌溉或不同N摄取条件)以及测量大量性状(多达几十个)。对每一个高通量植物实验平台而言,在整个培育发育季要测量数千个微区块(参见图一)。
图1-高通量植物表型基地
1.2 PHENOME-EMPHASIS 项目
近年来,开发了多种植物表型平台。Phenome-Emphasis项目是INBS一项国家基础设施项目,包括11个大量配置设备的基地,其中6个基地是在可控或半可控环境下(温室花盆植物或棚子遮挡条件),3个组学平台以及2田间试验平台(见图2)。
图2说明 - Phenome-EMPHASIS 平台网络
(蓝色:控制或半控制条件;红色,温室;绿色;多组学)
在生长季进行监控非常关键,图像的获取广泛得到应用,因图像采集方法无损、自动化,可进行后续分析,可获取多种复杂性状,如结构或生物量(参加图3)
图3-成像使用的传感器类型
在田间,图像采集利用机器人,称之为Phénomobiles,该系统为INRA、Arvalis以及Hiphen公司设计,用于田间表型成像,田间表型成像平台还配置了无人机。
图4::INRA与Arvalis设计的Phénomobiles植物表型成像机器人
该Phenomobiles (参见图4)配有长达12m的可伸缩机械臂以及可调向采集头, 系统配置了4个相机系统(可见光RGB以及Airphen多光谱相机,同时配有闪光灯,图像获取不依赖于自然照明条件,保证稳定数据品质。该系统还配有3台激光雷达 (LIDAR)。
无人机配置了可见光以及近红外相机,用于测量植被高度或计算多种反应植被状态的植被指数如NDVI以及叶面积指数等。利用该设备做了大量实验。实验还搭载了热红外相机来获取作物温度信息,并将其与植物水需求以及蒸腾过程相关联。
北京欧亚国际科技有限公司是法国农业科学院与Hiphen公司开发的系列植物表型成像系统的中国区总代理,全面负责其系列产品在中国市场的推广、销售和售后服务.