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Plant Phenomics | 基于无人机多传感器和集成学习的玉米表型高通量估算
发表时间:2022-09-02 13:37:06点击:1016
快速、无损地监测玉米生化参数对高效筛选玉米优质基因型至关重要。近年来迅速发展的无人机监测技术,以其灵活机动、成本低、分辨率高的优点,成为获取作物生长信息的重要手段。数据融合可以进行数据优势互补,能够有效提高作物表型估算精度。相比普通的机器学习方法,集成算法可以提高模型预测的精度及泛化能力。贝叶斯模型平均法能够考虑主观先验信息及单模型的不确定性从而提高模型的可靠性和准确度。
近日,Plant Phenomics在线发表了中国农业大学数字农业研究团队题为Application of UAV Multisensor Data and Ensemble Approach for High-Throughput Estimation of Maize Phenotyping Traits的研究论文。
本研究基于玉米育种田间试验,获取玉米4个生长期的无人机数码和多光谱影像。基于无人机数码影像提取了各小区RGB波段、冠层覆盖度、株高和纹理,从无人机多光谱影像上提取了各小区光谱信息(图1)。比较分析了单一数据和融合数据结合岭回归、支持向量机、随机森林、高斯过程、K邻近网络、集成算法、贝叶斯平均法在玉米LAI、地上部鲜重和干重上的监测能力。
图1基于无人机多传感器数据的特征变量提取流程
结果表明数据融合能够提高模型精度,而模型集成能够更一步提高模型的准确性和稳定性。从数据源来看,无人机数码提取的光谱、结构、纹理三种参数中,结构参数表现最优,结构参数+纹理或结构参数+光谱均能够提高模型精度,其中结构参数+纹理+光谱表现最佳。对于光谱信息,无人机多光谱指数明显比数码光谱指数表现更佳,且高于结构、纹理信息。两种传感器所有数据融合后模型估算精度最优。从建模方法来看,因研究对象和所使用的建模参数不同,在5种单一模型中岭回归和随机森林表现较好。Stacking和贝叶斯模型平均比单模型精度均有提高,其中贝叶斯模型平均法表现更好(图3)。因此,无人机成像数据与集成学习相结合能够快速准确地提取地块尺度玉米LAI及地上部鲜重和干重,研究可为无人机技术监测育种材料性状参数的应用方面提供参考。
图2研究区株高估算热力图
图3基于BMA模型的各表型估算值与实测值的验证集结果
论文第一作者为中国农业大学土地科学与技术学院博士研究生束美艳,论文通讯作者为马韫韬教授,合作者包括李保国教授、郭焱教授和杨小红教授。
团队介绍
中国农业大学数字农业研究团队,主要研究方向为多源尺度的植物功能-结构-环境互作的基因型/表型研究,包括植物功能-结构-环境互作的系统仿真与数字孪生、植物(三维)表型研究与应用研发、多源传感器的融合及数字农业应用、人工智能及其农业算法应用等研究。
长期招收多名硕士、博士研究生和合作博士后,有意者请联系:yuntao.ma@cau.edu.cn。
论文链接
http://doi.org/10.34133/2022/9802585
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About Plant Phenomics
《植物表型组学》(Plant Phenomics)是由南京农业大学和美国科学促进会(AAAS)合作创办的英文学术期刊,于2019年1月正式上线发行。采用开放获取形式,刊载植物表型组学交叉学科热点领域具有突破性科研进展的原创性研究论文、综述、数据集和观点。具体范围涵盖高通量表型分析的最新技术,基于图像分析和机器学习的表型分析研究,提取表型信息的新算法,作物栽培、植物育种和农业实践中的表型组学新应用,与植物表型相结合的分子生物学、植物生理学、统计学、作物模型和其他组学研究,表型组学相关的植物生物学等。期刊已被DOAJ、Scopus、PMC、EI和SCIE等数据库收录。科睿唯安JCR2021影响因子为6.961,位于农艺学、植物科学,遥感一区。中科院农艺学、植物科学一区,遥感二区,生物大类一区(TOP期刊)。2020年入选中国科技期刊卓越行动计划高起点新刊项目。
说明:本文由《植物表型组学》编辑部负责组稿。
中文内容仅供参考,一切内容以英文原版为准。
特邀作者:束美艳、马韫韬
编辑:王慧敏(实习)
审核:孔敏、王平