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Plant Phenomics | SPSI:抽穗前估测冬小麦穗数的新型复合指数
发表时间:2023-09-27 12:47:19点击:587
单位面积穗数(panicle number per unit ground area,PNPA)是产量的3大构成因素之一,对小麦最终产量的贡献最大。作为重要的产量表型性状,PNPA信息可以帮助我们更好地评价种植密度,提高小麦的产量潜力。传统的PNPA人工计数方法虽准确但耗时耗力。现有表型分析方法则聚焦于利用抽穗后(例如,开花期和灌浆期)RGB影像进行可视化的麦穗计数,可提高田间测产效率;然而,基于小麦抽穗前无人机多光谱影像估算小麦PNPA,可更早评估籽粒产量潜力和调控作物生长以提高最终产量,对于小麦生产精确管理具有重要价值。由于分蘖数在单一时期与地上部生物量呈线性正相关,与PNPA呈非线性正相关,使得小麦PNPA的遥感估算易受光谱饱和的影响。迄今为止,尚未有研究专门关注PNPA估算中的光谱饱和现象,并建立有效途径来解决这一问题。而融合光谱和纹理指数去构建复合指数,不仅有望通过单个新特征解决光谱饱和问题,而且有助于更直观地理解两类信息各自的贡献。此外,在作物生长早期阶段,冠层反射率受土壤背景的严重干扰,纹理信息的贡献也可能受到土壤背景的影响。但是,目前纹理分析在作物监测中的研究忽略了背景效应,通过使用绿色像元提取纹理特征的方式是否有助于去除背景影响,还有待深入研究。
2023年9月,Plant Phenomics在线发表了南京农业大学国家信息农业工程技术中心题为SPSI: A Novel Composite Index for Estimating Panicle Number in Winter Wheat before Heading from UAV Multispectral Imagery 的研究论文。
该研究分析了背景效应对纹理指数估算PNPA的影响,并基于绿色像元和相关系数筛选出了最优的光谱指数DATT[850,730,675],确定了对PNPA敏感的纹理指数NDTICOR[850,730]和NDTICOR[730,850]。鉴于相关光谱指数(如LICI,LAI-insensitive chlorophyll index)的构建原理及光谱与纹理信息的差异,通过把两个与PNPA呈正相关或负相关的指数相加以构建一个复合指数,可增强复合指数与PNPA的关系。因此,NDTICOR[850,730]被确定为最优纹理指数,并展示出强大的抗饱和能力(图1D-I)。该研究通过加法整合最优光谱与纹理指数,构建了单位面积穗数敏感的光谱-纹理复合指数(spectral-textural PNPA sensitive index,SPSI),明显提高了PNPA的估算精度(图1 J-L)。
复合指数公式如下:
SPSI=DATT[850,730,675]+NDTICOR[850,730]
图1. 冬小麦PNPA与DATT[850,730,675]、NDTICOR[850,730]和SPSI在孕穗前不同日期(A ~ I)或孕穗前(J ~ L)的关系。(A)至(F)是PNPA与DATT[850,730,675]在不同日期的关系,其中(A)至(C)代表所有样本,(D)至(F)代表DATT[850,730,675]分别在0.35 ~ 0.45 (D),0.38 ~ 0.48(E)和0.41 ~ 0.51(F)范围内的子集,光谱饱和现象严重;(G)至(I)是上述样本子集PNPA与NDTICOR[850,730]的关系,未见光谱饱和现象;(J)至(L)是三个日期所有样本PNPA分别与DATT[850,730,675]、NDTICOR[850,730]和SPSI的关系。显著性水平:无显著性,NS;* P < 0.05;* * P < 0.01;* * * P < 0.001。
该研究进一步对不同栽培因子组合导致的5种光谱饱和(光谱值一致但穗数不同)情景分析发现,大部分情况下,相较于DATT[850,730,675](不显著),NDTICOR[850,730]的加入使SPSI显著降低了光谱饱和性(R2 > 0.72 , P < 0.05)。在按栽培因子分组的不同样本子集中,SPSI与PNPA的相关性(R2 = 0.72 ~ 0.85)普遍强于DATT[850,730,675](R2 = 0.61 ~ 0.76),表明PNPA ~ SPSI关系对栽培因子的敏感性比PNPA ~ DATT[850,730,675]关系更低(图2)。在建模与验证数据中,与其他植被指数相比,DATT[850,730,675]和NDTICOR[850,730]的互补性使SPSI在任一数据集中的任一日期都展示出了最高的估算精度。该研究首次揭示了土壤背景对于纹理特征提取的影响,创建了具有高抗饱和性的光谱-纹理复合指数,显著提升了不同栽培条件下对PNPA的估测能力,为利用高分辨率卫星影像及时准确估测PNPA和籽粒产量提供重要支撑。
图2 不同栽培条件下PNPA与DATT[850,730,675](A ~ D)和SPSI(E ~ H)的关系。(A)至(H)分别表示按氮水平(A和E)、种植密度(B和F)、播期(C和G)和叶型(D和H)分组的情况。黑色线条表示所有数据点的拟合线。
该研究由南京农业大学国家信息农业工程技术中心完成。农学院博士研究生吴亚鹏为论文第一作者,程涛教授为通讯作者。该工作得到了国家自然科学基金创新研究群体项目(32021004)、中央高校基本科研业务费专项资金(XUEKEN2023023)、江苏省农业科技创新基金(CX(21)1006)和省部共建现代作物生产协同创新中心(CIC-MCP)等项目与平台的资助。
论文链接:
http://doi.org/10.34133/plantphenomics.0087
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《植物表型组学》(Plant Phenomics)是由南京农业大学和美国科学促进会(AAAS)合作创办的英文学术期刊,于2019年1月正式上线发行。采用开放获取形式,刊载植物表型组学交叉学科热点领域具有突破性科研进展的原创性研究论文、综述、数据集和观点。具体范围涵盖高通量表型分析的最新技术,基于图像分析和机器学习的表型分析研究,提取表型信息的新算法,作物栽培、植物育种和农业实践中的表型组学新应用,与植物表型相结合的分子生物学、植物生理学、统计学、作物模型和其他组学研究,表型组学相关的植物生物学等。期刊已被DOAJ、Scopus、PMC、EI和SCIE等数据库收录。科睿唯安JCR2022影响因子为6.5,位于农艺学、植物科学、遥感一区。中科院农艺学、植物科学一区,遥感二区,生物大类一区(TOP期刊)。2020年入选中国科技期刊卓越行动计划高起点新刊项目。
说明:本文由《植物表型组学》编辑部负责组稿。
中文内容仅供参考,一切内容以英文原版为准。
特邀作者:程涛
排版:苏梓钰(南京农业大学)
审核:孔敏、王平